LABORATORIUM BIOLOGII EKSPERYMENTALNEJ

 

Kierownik: dr n. biol. Oleksandr Korchynskyy

 

dr inż. Agnieszka Będzińska

 

Lokalizacja

Budynek G4, ul. Warzywna 1A, 35-310 Rzeszów

Pokój: 126, 127, 425.

 

Laboratorium Biologii Eksperymentalnej zajmuje się badaniami nad tworzeniem i homeostazą układu mięśniowo-szkieletowego oraz sercowo-naczyniowego. Dużym zainteresowaniem cieszą się szlaki sygnałowe komórek układu mięśniowo-szkieletowego i sercowo-naczyniowego oraz ich wzajemne oddziaływania. Szczególną uwagę poświęca się szlakom białka morfogenetycznego kości (BMP)/Smad i Wnt/β-kateniny oraz ich regulacji transkrypcyjnej jako głównym induktorom tworzenia i utrzymania kości i chrząstki. Podstawowe czynniki transkrypcyjne typu helisa-pętla-helisa (bHLH) jako główne mediatory tworzenia mięśni szkieletowych i serca stanowią równoległą linię badań. Funkcjonowanie układu mięśniowo-szkieletowego i sercowo-naczyniowego jest negatywnie kontrolowane przez prozapalny sygnał NF-κB i jego geny docelowe, które stanowią trzeci kierunek naszych badań.

Prowadzimy badania nad pozytywnymi i negatywnymi interakcjami sygnałów kontrolujących tworzenie i homeostazę układu mięśniowo-szkieletowego oraz sercowo-naczyniowego. Naszym głównym przedmiotem zainteresowania są zarówno normalna fizjologia, jak i patogeneza (choroby genetyczne i autoimmunologiczne, takie jak reumatoidalne zapalenie stawów).

Procesy regeneracyjne w układzie mięśniowo-szkieletowym i sercowo-naczyniowym są przeprowadzane przez mezenchymalne komórki macierzyste (MSC). Losy różnicowania MSC są kierowane przez różne bodźce indukujące (takie jak BMP, Wnt, czynniki insulinopodobne, VEGF, HIF1α, ets), które są wzajemnie kontrolowane przez sygnały prozapalne. Mamy ponad dwudziestoletnie doświadczenie w pracy z pierwotnymi MSC pochodzenia ludzkiego i mysiego oraz ich ustabilizowanymi liniami komórkowymi.
Laboratorium Biologii Eksperymentalnej rutynowo stosuje nowoczesne techniki inżynierii genetycznej i posiada certyfikowany obiekt bezpieczeństwa biologicznego poziomu 2 (BSL2) do pracy z rekombinowanymi adenowirusami i lentiwirusami. W jednym z naszych projektów stworzyliśmy kombinowaną szczepionkę adenowirusową 3 w 1, chroniącą przed SARS2/COVID, błonicą i infekcjami adenowirusowymi. Wspomniana szczepionka jest obecnie zgłoszona do ochrony patentowej.

Oleksandr Korchynskyi jest kierownikiem Laboratorium Biologii Eksperymentalnej w Przyrodniczo-Medycznym Centrum Badań Innowacyjnych (od maja 2025 r.) oraz profesorem nadzwyczajnym w Zakładzie Biochemii i Chemii Ogólnej Wydziału Medycznego Uniwersytetu Rzeszowskiego (Polska) od 2016 r. W 1993 r. uzyskał tytuł doktora biochemii. Oleksandr Korchynskyi odbył szerokie szkolenie w dziedzinie sygnalizacji komórkowej, biologii komórkowej i molekularnej oraz immunologii w kilku renomowanych instytucjach europejskich: Instytucie Ludwiga ds. Badań nad Rakiem w Uppsali w Szwecji, Holenderskim Instytucie Onkologii w Amsterdamie oraz na uniwersytetach w Leiden w Holandii. W latach 2002-2007 dr Korchynskyi odbywał szkolenia na Uniwersytecie Karoliny Północnej w Chapel Hill w Karolinie Północnej, Uniwersytecie Kalifornijskim w San Diego w Kalifornii oraz Uniwersytecie Virginia Commonwealth w Richmond w stanie Wirginia w Stanach Zjednoczonych. Oleksandr Korchynskyi jest autorem i współautorem ponad 40 artykułów naukowych, w tym prac opublikowanych w czasopismach „Nature” i „Science”, które uzyskały ponad 3000 cytowań.
Dr Korchynskyi otrzymał jako kierownik projektu granty od NCN:
w 2017 r. (OPUS12; 1 067 000 PLN) oraz w 2024 r. (IMPRESS-U; 1 079 500 PLN).
w 2021 r. – nagroda Narodowego Funduszu Naukowego Ukrainy (6 150 000 UAH)
Nasze laboratorium może pomóc w analizie aktywacji szlaków sygnałowych i walidacji różnych podejść biologii regeneracyjnej w dziedzinie układu mięśniowo-szkieletowego i sercowo-naczyniowego.

 

Lista wybranych publikacji:

  1. Luo J.L., Tan W., Rinoco J.M., Korchynskyi O., Zhang M., Cheresh D., Karin M. (2007) Nuclear cytokine activated IKKα controls prostate cancer metastasis by repressing maspin. Nature 446, No 7136, P. 690-694. (Impact Factor 42.434, SJR-Q1). (Cited 358 times by Jant.08, 2024 - According Clarivate Analytics/Web of Science). doi:10.1038/nature05656
  2. Nackley A.G, Shabalina S.A., Tchivileva I.E., S atterfield K., Korchynskyi O., Makarov S.S., Maixner W., and Diatchenko L. (2006) Human catechol-o-methyltransferase haplotypes modulate protein expression by altering mRNA secondary structure. Science 314, No 5807, P. 1930-1933 (Impact Factor: 40.78; SJR-Q1). (Cited 710 times by Apr.02, 2024 - According Clarivate Analytics/Web of Science; 1036 times by Apr.02, 2024 - According to Pubmed, NCBI)). doi: 10.1126/science.1131262
  3. Korchynskyi O., and ten Dijke P. (2002) Identification and functional characterization of distinct critically important BMP-specific response elements in the Id1 promoter. Biol.Chem. 277, No 7, P. 4883-4891. (SJR-Q1). (Cited 731 times by Apr.02, 2024 - According Clarivate Analytics/Web of Science; 1009 times by Apr.02, 2024 - According to Pubmed, NCBI). DOI 10.1074/jbc.M111023200
  4. *Descargues P., *Sil A.K., *Sano Y., *Korchynskyi O., Han G., Owens P., Wang X.J., Karin M. (2008) IKKα is a critical coregulator of a Smad4-independent TGFβ-Smad2/3 signaling pathway that controls keratinocyte differentiation. Proc Natl Acad Sci U S A. 105, No 7, P.2487-92. (SJR-Q1). (Cited 127 times by Jan.08, 2024 - According Clarivate Analytics/Web of Science). doi: 10.1073/pnas.0712044105 *- Equal contribution.
  5. Grabiec A.M., Korchynskyi O., Tak P.P., Reedquist K.A. (2012) Histone deacetylase inhibitors suppress rheumatoid arthritis fibroblast-like synoviocyte and macrophage IL-6 production by accelerating mRNA decay. Annals Rheumat.Dis. 71, No 3, P.424-31. (IF: 27.377; SJR-Q1). Cited 165 times by Jan.08, 2024 - According Clarivate Analytics/Web of Science).    doi: 10.1136/ard.2011.154211.

Pozostałe publikacje:

  1. Viktoriia Oliferchuk, Markiyan Samborskyy, Olexandr Korchynskyi, Daria Fedorovich Identification of a novel genus of endofitic yeast Vitasergia as a key component in symbiotic ecosystem yeast-mycorrhizae fungus-plant that increases plant adaptivity. Prepared for: Nature.
  2. Khrystyna Malysheva, Justyna Czarnik-Kwaśniak, Małgorzata Szczepanek, Bogdan Kolarz, & Olexandr Korchynskyi Targeted ACPA Profiling Allows Discrimination of Rheumatoid Arthritis versus Juvenile Idiopathic Arthritis. // Scientific Reports (Under review).,
  3. Ronaldo Badenhorst, Sergei V. Makaev, Mikhail Parkera, Vladimir Reukov, Rostyslav Marunych, Agnieszka Będzińska, Olexandr Korchynskyi, Ostap Kalyuzhnyi Dmytro Yaremchuk,, Jaroslav Ilnytskyi, Taras Patsahan, Sergiy Minkoa  Dynamic Microstructured Interface for Label-Free Cell Sorting Based on Nonspecific Interactions // ACS-Appl.Mater.Interfaces (under review) (IF: 8.3, SJR-Q1).
  4. Korolova D.S.*, Platonova T.M., Gornytska O.V. 1, Chernyshenko V. 1, Korchynskyi O.*,# and Komisarenko S.V.# Diagnostic Value of Protein C Depletion in Pathologies Associated with the Activation of the Blood Coagulation System //J.Mol.Sci.-2025, 26, 6122. (IF: 5.7, SJR-Q1). https://doi.org/10.3390/ijms26136122.                                            # - Equal contribution. * - Corresponding Author.
  5. Korchynskyi  O., Yoshida K., Korchynska N, Czarnik-Kwaśniak J., Tak P.P., Pruijn G.J.M,. Isozaki T, Ruth J.H., Campbell P.L., Amin M.A. and Koch A.E. (2023) Mammalian glycosylation patterns protect citrullinated chemokine MCP-1/CCL2 from partial degradation.// Int.J.Mol.Sci. 24,1862 (IF: 6.21, SJR-Q1). Cited 4 times by May 20, 2025 - According Clarivate Analytics/Web of Science). https://doi.org/10.3390/ijms24031862.
  6. Kwaśniak K., Czarnik-Kwaśniak J., Malysheva Kh., Pogoda K., Korchynskyi O., , Rybojad P., Karczmarek-Bo-rowska B., and Tabarkiewicz J (2022) LncCDH5-3:3 regulates apoptosis, proliferation, and aggressiveness in human lung cancer cells. Cells 11, no.3: 378. (IF: 6.6, SJR-Q1). https://doi.org/10.3390/cells11030378 .
  7. Krynina O.I., Romaniuk S.I., Gorbatiuk O.B., Korchynskyi O.G., Rebriiev А.V., Kulyk Ya.S., Kozadaieva Ye.O., Siromolot A.A., Guzyk M.M., Kolybo D.V., Komisarenko S.V. (2021) Production of recombinant SARS-COV-2 coronavirus proteins and fused conjugate with diphtheria toxoid CRM197 Ukr.Biochem.J., (SJR-Q4) Vol. 93, N 6: 31-45.    doi: https://doi.org/10.15407/ubj93.06.031.
  8. Malysheva Kh., Kwaśniak K., Gnilitskyi Ia., Barylyak A., Zinchenko V., *Fahmi A., *#Korchynskyi O., *Bobitski Ya. (2021) Functionalization of polycaprolactone electrospun osteoplastic scaffolds with fluorapatite and hydroxyapatite nanoparticles: biocompatibility comparison of human versus mouse mesenchymal stem cells. Materials. 14, 1333 (IF: 3.057, SJR-Q2). Cited 12 times by Jan 10, 2024 - According Clarivate Analytics/Web of Science).  * - Equal contribution. # - Corresponding Author.         doi: 10.3390/ma14061333 .
  9. Malysheva Kh.V., Pavlenko O.К., Stoika R.S., Korchynskyi O.G. (2017) shRNA-mediated knockdown of pituitary tumor transforming gene 1 (PTTG1): optimization of the effect on early osteoblast differentiation. The Animal Biology, 19 No 2: 70--78.     http://dx.doi.org/10.15407/animbiol19.02.070.
  10. Malysheva Kh.V., Pavlenko O.К., Stoika R.S., Korchynskyi O.G. (2017) shRNA-mediated knockdown of pituitary tumor transforming gene 1 (PTTG1): optimization of the effect on early osteoblast differentiation. The Animal Biology, 19 No 2: 70--78.     http://dx.doi.org/10.15407/animbiol19.02.070.
  11. Malysheva Kh.V., Finiuk N.S., Pavlenko O.K.,. Havrylyuk D.Ya, Lesyk R.B., Stoika R.S., Korchynskyi O.G.(2017) 4-Thiazolidinone-based derivatives rescue TNAα-inhibited osteoblast differentiation in mouse mesenchymal precursor cells. Ukr.Biochem.J., 89: 111-122. (SJR-Q4). https://doi.org/10.15407/ubj89.si01.111.
  12. Malysheva Kh., de Rooij K., Löwik C.W.G.M., Baeten D.L., Rose-John S., Stoika R., Korchynskyi O. (2016) Interleukin 6/Wnt interactions in rheumatoid arthritis: interleukin 6 inhibits Wnt signaling in synovial fibroblasts and osteoblasts. Croat Med J. 57, No 2, P.89-98. (IF: 1.667; SJR-Q2). Cited 46 times by Apr.02, 2024 - According Clarivate Analytics/Web of Science); DOI: 10.3325/cmj.2016.57.89.
  13. Malysheva Kh.V., Spasyuk І.V., Pavlenko O.К., Stoika R.S., Korchynskyi O.G. (2016) Generation of optimized preparations of bone morphogenetic proteins for bone regeneration. Ukr.Biochem.J., 88, No 6: 59-70. (SJR-Q4). Cited 2 times by Dec 08, 2019 - According to Scopus)  https://doi.org/10.15407/ubj88.06.087.
  14. Krupak V.I., Malysheva Kh.V., Pavlenko O.К., Shafranska G.I., de Rooij K., Löwik C.W.G.M., Stoika R.S., Korchynskyi O.G. (2016) The PTTG1 is a novel inhibitor of osteogenic differentiation of mouse mesenchymal stem cells The Animal Biology, 18 No 1: 61-68. https://doi.org/10.15407/animbiol18.01.061
  15. Malysheva Kh.V., de Rooij K., Löwik C.W.G.M., Baeten D.L., Stoika R.S., Korchynskyi O.G. (2015) ShRNA-mediated knockdown of Interleukin-6 expression rescues tumor necrosis factor α-inhibited osteogenesis in mouse mesenchymal precursor cells. Studia Biologica 9, No 3-4, P.5-14.
    1. *Yoshida K., *Korchynskyi O., Tak P.-P., Isozaki T., Ruth J.H., Campbell P.L., Baeten D.L., Gerlag D.M., Amin M.A., and. Koch E. (2014) Citrullination of ENA-78/CXCL5 results in conversion from a non-monocyte recruiting to a monocyte recruiting chemokine. Arthritis & Rheumat 66, No 10, P.2716-2727. (IF: 7.764; SJR-Q1). (Cited 43 times by Apr.02, 2024 - According Clarivate Analytics/Web of Science).
    * - Equal contribution.                                                             doi: 10.1002/art.38750.
  17. van Rijssel J., Timmerman I., van Alphen FPJ., Hoogenboezem M., Korchynskyi O., Geerts D., Geissler J., Reedquist K.A., Niessen H.W.M., and van Buul J.D. (2013) The Rho-GEF Trio regulates a novel pro-inflammatory pathway through the transcription factor Ets2. Biology Open 2, No 6, P.569-79. (IF: 2.416; SJR-Q1). (Cited 24 times by Jan.08, 2024 - According Clarivate Analytics/Web of Science).doi: 10.1242/bio.20134382.
  18. Korchynskyi O., Adenoviral vectors: convenient tools for gene delivery to primary mammalian cells. (2012) Biotechnology 5, No 5, P.9-19.
  19. de Gorter D.J.J., van Dinther M., Korchynskyi O., and ten Dijke P. (2011) Biphasic effects of transforming growth factor-β on bone morphogenetic protein-induced osteoblast differentiation J. Bone Mineral Res. 26 No 6, P.1178-87 (IF: 6.832; SJR-Q1). Cited 75 times by Sept. 15, 2024 - According to Thompson ISI).      doi: 10.1002/jbmr.313
  20. Pulkki M.M., Myllymaa S., Pasternack A., Lun S., Ludlow H., Al-Qahtani A., Korchynskyi O., Groome N., Juengel J., Kalkkinen N., Laitinen M. Ritvos O., and Mottershead D.G. (2011) The bioactivity of human bone morphogenetic protein-15 is sensitive to C-terminal modification: Characterization of the purified untagged processed mature region. Mol.Cell. Endocrinol. 332, No 1-2, P.106–115. (IF: 4.405; SJR-Q1). Cited 30 times by Mar 15, 2024- According to Thompson ISI).  doi: 10.1016/j.mce.2010.10.002
  21. Krause C., Korchynskyi O., de Rooij K., Weidauer S.E., de Gorter D.J.J., van Bezooijen R.L., Hatsell S., Economides A.N, Mueller T.D., Löwik C.W.G.M. and ten Dijke P. (2010) Distinct modes of inhibition by Sclerostin on Bone Morphogenetic Protein and Wnt signaling pathways. J Biol Chem.  285, No 53, P.41614–26. (SJR-Q1). (Cited 138 times by Jan.08, 2024 - According Clarivate Analytics/Web of Science). doi: 10.1074/jbc.M110.153890
  22. Mottershead D.G.,  Pulkki M.M., Muggalla P., Pasternack A., Tolonen M., Myllymaa S., Korchynskyi O., Nishi Y., Yanase T., Lun S., Juengel J., Laitinen M. and Ritvos O. (2008) Characterization of recombi-nant human growth differentiation factor-9 signaling in ovarian granulosa cells. Mol. Cell. Endocrinol. 283, No 1-2, P.58-67. (SJR-Q1). (Cited 46 times by Mar 15, 2024 - According to Thompson ISI). doi: 10.1016/j.mce.2007.11.007
  23. Chuva De Sousa Lopes S.M., Feijen A., Korving J., Korchynskyi O., Larsson J., Karlsson S., Ten Dijke P., Lyons K.M., Goldschmeding R., Doevendans P., Mummery C.L. (2004) Connective tissue growth factor expression and Smad signaling during mouse heart development and myocardial infarction. Dev Dyn. 231, No 3, P. 542-550. (SJR-Q2). (Cited 84 times by Mar 15, 2024 - According to Clarivate Analytics/Web of Science). doi: 10.1002/dvdy.20162.
    1. **Monteiro R.M.P., Chuva de Sousa Lopes S.M., Korchynskyi O., ten Dijke P. and Mummery C.L. (2004) Spatio-temporal activation of Smad1, Smad5 and Smad8 in vivo. Cell Sci. 117 (Pt 20), P. 4653-4663. (SJR-Q1). (Cited 71 times by Mar 15, 2024- According to Clarivate Analytics/Web of Science). doi: 10.1242/jcs.01337
    **This work was awarded as a best Journal of Cell Science paper 2004 - See: J.Cell Sci. 118 (15), P. 3221.
  25. Mazerbourg S., Klein C., Roh J., Kaivo-Oja N., Mottershead D.G., Korchynskyi O., Ritvos O., Hsueh A.J.W. (2004) Growth differentiation factor-9 (GDF-9) signaling is mediated by the type I receptor ALK5 as well as Smad2 and Smad3 proteins. Mol. Endocrinol. 18, No 3, P. 653-665. (SJR-Q1). (Cited 199 times by Jan.08, 2024 - According Clarivate Analytics/Web of Science).   doi: 10.1210/me.2003-0393
  26. Korchynskyi O., Dechering K.J., Sijbers A.M., Olijve W., and ten Dijke P. (2003) Gene array analysis of Bone Morphogenetic Protein Type I Receptor-induced osteoblast differentiation. J. Bone Mineral Res. 18, No 7, P. 1177-1185. (SJR-Q1). (Cited 48 times by Mar 15, 2024 - According to Clarivate Analytics/Web of Science). doi: 10.1359/jbmr.2003.18.7.1177
  27. Korchynskyi O., Korchynska O., Stoika R. (2000) Transforming growth factor b1 protects human lung adenocarcinoma cells from hyperthermia-induced apoptosis. Experim. Oncol. 22, No 3, P. 126-129. (SJR-Q3).
  28. Stoika R.S, Antonyuk V.O., Yakymovych I.A., Yakymovych M.Ya., Korchynsky O.G., Preobrazhenska O.V., Stasyk T.V., Kashtchak N.I., Lutsik M.D. (2000) Tumor cell response to cytotoxic lectins and heat shock in vitro: study of possible involvement of transforming growth factor b1.Intl.J.Med.Biol.Environ.28 No1, P. 65-69.
  29. Korchynskyi O., Landstrom M., Stoika R., Funa  K., Heldin C.-H., ten Dijke P., Souchelnytskyi S. (1999) Expression of Smad proteins in human colorectal cancer.Internat.J.Cancer, 82, P.197-202. (SJR-Q1).(Cited 90 times by Jan 08, 2024 - According to Clarivate Analytics/Web of Science). doi: 10.1002/(sici)1097-0215(19990719)82:2<197::aid-ijc8>3.0.co;2-v.
  30. Korchinskii A.G., and Stoika R.S. (1998) Effect of heat shock on expression of transforming growth factor b1 mRNA in tumor cells. Experim.Oncol. 20, No 4, P. 109-113. (SJR-Q3).
  31. Korchynsky O.G., Korchynska L.S., Pentsak R.G., Stoika R.S., Vorobetz Z.D. (1998) Regulation of DNA synthesis intensity in mouse fibroblasts of NIH-3T3 line with polypeptide growth factors: effect of calcium transport blockers. Proc.Natl.Acad.Sci. of Ukraine (in Ukrainian), N 2, P.179-183.
  32. Philchenkov O.O., Yakymovych I.A., Korchynsky O.G., Kudriavets Yu.J., Stoika R.S. (1997) Production of transforming growth factor a, epidermal growth factor receptor content and expression of transformed phenotype in human carcinoma cells of Hep-2 line transfected with HIV-1 tat gene. Biopolymers and Cell (in Ukrainian), 13, No 4, P. 308-313. (SJR-Q4).
  33. Korchinskii A.G., Shafranska G.I., Stoika R.S. (1997) Effect of hyperthermia and transforming growth factors on expression of transformed phenotype in human carcinoma cells. Experim. Oncol. 19, No 3. P. 196-201. (SJR-Q3).
  34. Korchinskii A.G., Korchinska L.S., Vorobetz Z.D., Stoika R.S. (1995) The role of passive calcium transport in the transforming growth factor b-stimulated collagen gel contraction by fibroblasts. The Actual Problems of Medicine, Biology, Veterinary, Agriculture. - Lviv (in Ukrainian), P. 7-12.
  35. Stoika R.S., Korchinskii A.G., Kusen' S.I. (1994) The effect of heat shock on the autocrine functions in tumor and normal cells. Oncol. 16, N 4-6, P. 327-342. (SJR-Q3).
  36. Korchinska L.S., Vorobets Z.D., Korchinski A.G., Stoika A.M. (1993) Character of transforming growth factor b and epidermal growth factor influence on the calcium transport in the carcinoma cells of CCL-64 line is dependent on their density in the culture. Doklady Acad. Sci. of Ukraine (in Ukrainian), N 5, Ser. B, P.141-144.
  37. Stoika R.S., Korchynsky A.G., Kusen' S.I. (1993) The influence of transforming growth factor b, epidermal growth factor and hyperthermia on the ability of normal and tumour cells to change activity of proteinases in the culture medium conditioned by them. Oncol. (In Russian), 15, N 3, P.20-25. (SJR-Q3).
  38. Korchinskii A.G., Stoika R.S., Kusen S.I. (1992) Heat shock modulates autocrine regulation of the rates of DNA and protein synthesis in human lung adenocarcinoma cell line A-549. Biochemistry (in Russian), v.57, N 11, P.1642-1647. (SJR-Q2).