DNA w ocenie agroekosystemów / DNA in agroecosystems assessment

 

Pełny temat badawczy: Ekspresja genetyczna/genotoksyczność jako nowe narzędzia w ocenie ryzyka środowiskowego produktów rozkładu wybranych środków ochrony roślin

Proponowani promotorzy: 

  1. dr. hab. inż. Łukasz Jurczyk, prof. UR, e-mail: [email protected]
  2. dr hab. inż. Justyna Koc-Jurczyk, prof. UR, e-mail: [email protected]

Streszczenie: Założeniem programu badawczego będzie próba odnalezienia w organizmach modelowych eksponowanych na wybrane środki ochrony roślin i produkty ich degradacji użytecznych markerów toksyczności i kalibracji uzyskanych z nich danych molekularnych (takich jak poziom ekspresji genetycznej wybranych genów czy stopień uszkodzenia DNA) w celu implementacji do obliczeń poziomów ryzyka środowiskowego. Badania będą też obejmowały porównane z wynikami klasycznych testów toksykologicznych stosowanych w ustalaniu ryzyka środowiskowego, oraz próbę opisu takiego ryzyka in situ. Dane będą mogły posłużyć do rewizji dotychczasowych zaleceń dla określenia współczynników ryzyka w przypadku skażenia środowiska mikrozanieczyszczeniami pochodzenia rolniczego.

Od kandydata wymaga się:

  • biotechnologia, biologia, ochrona środowiska, odnawialne źródła energii i gospodarka odpadami lub pokrewne, mile widzany dyplom inżynierski,

  • doświadczenie w precyzyjnym pipetowaniu mikroobjętości,

  • doświadczenie w technikach PCR, qPCR,

  • podstawowe techniki rozdziałów kwasów nukleinowych i ich obrazowania,

  • doświadczenie w pracy laboratoryjnej przygotowywaniu buforów, odczynników laboratoryjnych (ważenie, ekwilibracja pH itp),

  • biegła obsługa PC, w szczególności arkuszy kalkulacyjnych i wybranego pakietu statystycznych (przynajmniej Statistica),

  • mile widziane umiejętności pracy z oprogramowaniem CAD,

  • mile widziane doświadczenie w pracy z pakietami oprogramowania obsługujących formaty danych molekularnych (np. MEGA, konstruowanie drzew, obróbka sekwencji),

  • mile widziane doświadczenie w pracy z modelowymi organizmami do badań  toksykologicznych,

  • gotowość do pracy w nieregularnych godzinach, np. w dobowych cyklach doświadczalnych,

  • świadomość potrzeby zachowania czystości i porządku w laboratorium, odpowiedzialność przy pracy z substancjami niebezpiecznymi.



 

Research Topic: Genetic expression/DNA damage as a novel approach in the environmental risk assessment of products of selected pesticides degradation

Proposed Supervisors: 

  1. dr. hab. inż. Łukasz Jurczyk, prof. UR, e-mail: [email protected]
  2. dr hab. inż. Justyna Koc-Jurczyk, prof. UR, e-mail: [email protected]

Abstract:The assumption of the research program will be an attempt to find in chosen model organisms exposed to selected pesticides and products their degradation useful molecular markers of toxicity, and the calibration of data obtained therefrom, such as the differences of selected genes expression or DNA damage, to be implemented in the procedure of environmental risk assessment. The research will also include comparisons with the results of coventional toxicological tests, widely used in determining the environmental risk, and a case study describing such a risk in situ combining above mentioned methods. The results can be used to revise the current recommendations for determining the risk quotients in the events of environmental contamination with micro-pollutants of agricultural origin.

The candidate is expected to have:

  • education in the field of: biotechnology, biology, environmental protection or related, engineering degree is welcome,
  • experience in precise pipetting of micro-volumes,
  • experience in PCR techniques, especially qPCR,
  • experience in basic techniques for the separation of nucleic acids and their imaging,
  • experience in laboratory work, preparation of buffers, laboratory reagents (weighing, pH equilibration, etc.),
  • fluent PC support, especially spreadsheets and a selected statistical package (at least Statistica),
  • skills in working with CAD software are welcome,
  • experience in working with software packages and molecular data (e.g. MEGA, tree topologies, sequence processing) is welcome,
  • experience in working with model organisms for toxicological studies is also welcome,
  • readiness to work at irregular hours, e.g. in daily experimental cycles,
  • awareness of the need to keep the laboratory clean and tidy,
  • responsibility when working with hazardous substances.