W Szkole Doktorskiej UR działa Rada Szkoły Doktorskiej UR.

W skład Rady Szkoły Doktorskiej UR wchodzą:

• Dyrektor Szkoły jako przewodniczący;
• dyrektorzy instytutów reprezentujący dyscyplinę naukową lub artystyczną posiadającą uprawnienia do nadawania stopnia naukowego doktora;
• Przewodniczący Samorządu Doktorantów UR.

Do zadań Rady Szkoły Doktorskiej UR należy w szczególności:

• opiniowanie programów kształcenia w Szkole Doktorskiej UR;
• zatwierdzanie indywidualnych planów badawczych doktorantów wraz z harmonogramami prac nad rozprawami doktorskimi;
• określenie zasad oceny śródokresowej doktorantów;
• zatwierdzanie ocen śródokresowych doktorantów;
• opiniowanie wniosku dyrektora instytutu o zawieszenie lub zamknięcie naboru do Szkoły Doktorskiej UR w ramach dyscypliny;
• opiniowanie wniosku dyrektora Szkoły Doktorskiej o uruchomienie kształcenia doktorantów;
• zatwierdzanie zasad dokonywania oceny realizacji programu kształcenia oraz sposobu organizacji zajęć, a także badań naukowych prowadzonych przez doktorantów;
• opiniowanie corocznych sprawozdań Dyrektora z działalności Szkoły Doktorskiej UR.

Szczegółowy tryb zwoływania posiedzeń i pracy Rady Szkoły Doktorskiej UR określa regulamin przyjęty przez Radę Szkoły Doktorskiej UR.